>>665
自分の場合、システムとそれ以外のファイルのパーテーションを切り離して
起動用に使ってるディスクの空き領域をなるべくクリーンな状態に保ちたいって言うのが理由かな。
なので、ファイル保存とアプリケーションはそれぞれ専用パテにしてます。（OS9の場合）
バックアップ&リストアもシステム+αだけなら時間がかからないし、デフラグソフトなんて出番なし
万全を期すなら、もう一個サブのシステムをインストールしておく

ただし、OS Xだと同じ手は使えない