Mac OS X がどうなってるかは知らないけど、Windows のレジストリは
メインメモリに置かれるのでサイズが大きくなるとパフォーマンス的に
不利というかあまり気持ちがよくない。

一定の規則性はあるにしろ、レジストリのどこに何を追加/変更するのか
明示しているアプリケーションはごく少数なので、ユーザが勝手にいじるのは
面倒で難しい。

レジストリを編集するにはレジストリエディタというWindows付属のツールを
使うしかないけど、これはお世辞にも使いやすいとは言えない。

繰り返すけど、Mac OS X がどうなってるのかは知らないよ…。