XCode でプレフィックスヘッダファイルの名称を変更するには
どうしたら良いのでしょうか。

単にファイルの名称を変更しただけでは、
ビルド時に「Missing file or directory: Hoge_Prefix.h」というエラーが出るので、
何処かで設定を変更しなければならないのだと思いますが、
何処で設定したら良いものか分からないのです。