NSUserDefaultです。
NSUserDefaultで設定すれば設定したアプリでのみ有効になります。

Terminalで
% defaults write NSGlobalDomain NSMnemonicsWorkInText -bool YES
てな感じでドメインにNSGlobalDomainを指定すると全アプリが参照するようになります。

確認してませんが、CoreFoundationのCFPreferenceを使うとプログラマブルに設定できるみたいです。