書き忘れたので追記しておきます。
この現象は再起動／再ログインして治る時と治らない時があります。
Apeで使っているものはWindowShadeX2.1.2/ICeCoffEE1.3.3です。
WindowShadeXはレジスト済みです。Apeを外してみると全くこの現象は現れません。
今は仕方ないので、CocktailでFinderの再起動をしてとりあえずしのいでいます。
この他システムが不安定だとかといった事はありません。
DockのFinderアイコンをクリックすれば新規ウィンドウが出ます。
宜しくお願いします。