リンク先の通りにしてみましたところ、
デスクトップにあった.DS_Storeは消えましたが、
ＨＤをダブルクリックして現れるウインドウの中に、
まだ以前としてあるのです。

[.hidden][Desktop DB][mach_karnel]etc...や
[var][usr]etc...といったフォルダがあるのですが、
これってどうにかならないでしょうか？

344様がおっしゃる「Finderから見えちゃってる」
状態なのかも知れません。

お手数お掛けして申し訳ないです。
再びご教授お願いします。