結局Cubeを預けた納入業者さんはAppleでは埒があかないと判断したらしく、秋葉原のクイックガレージに持っていったらしい。しかし、クイックガレージではCubeは修理対象になっていないとのことで、あえなく修理を断られたらしい。（ホントですか？これ）
で、再度Appleに電話して、IDEケーブルの件もあわせて再度修理の見込みを確認したところ、下記のように言われたそうです。

Cubeの修理に関しては一括で￥49,350円で請け負っている。
預かって分解して、原因がHDケーブルだろうが、ロジックボードだろうが、どんな修理でも値段は同じで追加請求することは無い。
もしもお客の勘違いで正常な機体を持ち込まれた場合でも￥49,350円頂く。

つまり、￥49,350円で修理上がり品と交換って事なんでしょう。

こんな状況になっているとは知らなかった・・・・。
Appleって信じられないような殿様商売しているんですね、ビックリしたというか、あきれたというか。