マスターorスレーブってのは
同一のATAバスにつけたHDDを設定するためのもの。
外付けケース(FWやUSB)のバヤイは、別のバスになるので関係ないの。
HDD1つ用のケースなら、細かい事気にせずマスターに設定。
スレーブに設定する意味はないし、起動できるかどうかは
マスターorスレーブとは関係ないハナシ