>ACARD AEC-6280に別途購入したIBM ATA100・80GのHDDをつなぎ、
>他にはHDDを接続していない状態でOS Xにて使用していました。
>が、突然?マークで立ち上がらない状態に。
これはよく分らないけど、HDDのディレクトリエラーもしくはバッドセクタによるもの
と思う。OSXに対応したディスクユーティリティーで修復してみたら。OSXは詳しく
ないので分りません。

>保管していたYOSE購入時に内蔵されていた6GのHDD（OS9.1をインストール済）をACARDに繋いで試してみるものの、?マークで起動せず
ACARD経由と直接接続ではドライバを書換えないとマウントできません。B'sCrewとかで
ドライバを書換えましょう。

>ACARDを外し上記の6G HDDを直接マザーボード上に接続して試してみても、やはり?マークで起動せず
>この状態で本体に付属していたOS8.6のCD-ROMでブートすると、起動はしたものの、HDDは認識しませんでした。
HDDをCDドライブと同じバスに接続したらどうなる？
それと、そのHDDはACARD経由で使ったことはないの？そうだとしたら前期理由によりドライバの書換えが必要。
最悪マザーボード上のATAチップがいかれてる可能性もあり。