rsync は、ターミナルにて
% cd
% rsync -av . /Volumes/BACKUP/Users/yourname/.
とかやればいい。ホームのバックアップの場合ね。
更新・追加されたものを調べて効率よくコピーしてくれる。
他のマシンにコピるときには
% rsync -av -e ssh . hostname:.
という感じで、マシン名（もしくはIPアドレス）をつけてやる。

ファイル少なめのフォルダで実験してみな。
あとはマニュアル嫁。