>>232
でけますたよ。
Optionタブの｢Never Remove Files｣にチェックを入れると残せました。
要は｢追記はしても削除はするな｣ってことでしょ？
以下、うちの環境、検証方法とその結果。

OSX10.2.8 SilverKeeper1.1
1.内蔵HD(コピー元)の~/名前/書類/にテスト用の｢テスト1｣
というフォルダを入れ、外付HDにバックアップ
→外付HD(コピー先)の~/名前/書類/に｢テスト1｣が入る。
2.コピー元の｢テスト1｣を削除して｢テスト2｣を作って入れ、
上に書いたOptionタブの｢Never Remove Files｣に
チェックを入れた状態でバックアップ
→コピー先のフォルダには｢テスト1｣｢テスト2｣の両方が生きてる。
(コピー元には存在しない｢テスト1｣も消えない。)

以下は蛇足ですが、
3.コピー元の｢テスト2｣を削除して、
Optionタブの｢Never Remove Files｣のチェックを外してバックアップ
→コピー先のフォルダでは、コピー元にすでに存在しない｢テスト1｣と
直前に削除した｢テスト2｣の両方が消えてる。

↑の2の.機能が欲しいってことでしょ？使えますね！