>> 421,422
回答してくれてありがとうございます。

X11上でも、一応terminal上と同じようにanthy-agentが起動して、
キーボードからの入力を受け付けてくれはしますが、
ローマ字入力を受け付けてはくれません。

jmodeも入れてみたのですが、起動させると
*** malloc[554]: Deallocation of a pointer not malloced: 0x531d40;
This could be a double free(), or free() called with the middle of an allocated block;
Try setting environment variable MallocHelp to see tools to help debug
というエラーメッセージとともにjmodeのインターフェース(というのかな)がでてきます。
でも、日本語入力はしてもらえません。

日本語変換するという機能がそもそも働いていないようです。
どうしたらよいのでしょう?