別にアホでも構わんけど、何がしたいのかよく分からんのだが。

0SEx使ってるんだったら任意のチャプター選択して
一個にして抜けば？そういうことじゃなくて？
何が何でも後からくっつけたいなら知らないけど。

それに使うのがOpenShiivaやmpeg2decXだったら
エンコしてからくっつければいいじゃないか。

あなたの手間など知ったこっちゃない。