Capty MPEG Editを用いて、いくつか同じ方法で編集していたのですが、
ある1つのファイルだけで問題が起こりました。

Capty MPEG EditでCMをカットしたmpeg2を、もう一度Capty MPEG Editで開いて、
改めてQT変換しようとしたら、初めのオーディオ切り出しの後半辺りで落ちてしまうのです。
再生の方は問題なくできています。特定の場所での画像や音の乱れなどは見受けられませんでした。

ただ、頭の方だけ選択して試してみた時は何故かうまくいくのです。
せめてCMカット前のを残しておけば良かったのですが、捨ててしまいました。

同じような症状が出た方はいませんか？
ソフトのアップデートで解決できる問題だとよいのですが…