MT使ってて外付けHDッて選択はいかがなものかと。
ふつうは内蔵する方がてっとり速いし起動ディスクになるし…

ということで、漏れならATAカードとB'sCrew4以上とDiskWarriorを用意して、
0) OSのバージョンをあげる
1) 外付けを分解する。
2) ATAカードを増設してHDを取り付ける。
3) B'sCrewでドライバーを更新する。オプションでシステム終了時強制回転中止を選択
4) マウントしたところでDiskWarriorで修復する。

といったところですか。
但し、一般的ではありませんし、Disk Drive TuneUpの上からB'sCrew4で上書きできるかも分かりません。
さらに、HFS+ではなくFAT32でフォーマットされていたらお手上げです。

データを捨てる覚悟があって返品可能な使用期間ならそれも悪くはないかな？