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>HDの空き領域が少なくなるとパフォーマンスは落ちる

とのことですが、これはてきめんでしたね。
自分のPBG4はメモリ1GB積んでいてHDの空き領域が1GB切ったあたりでOSXの動作がもの凄く遅くなった。
ちなみに起動アプリはSafariだけだったんですが。