sudo -u $USER AddDock $USER /Applications/MyApp.app MyApp すれ。

sudo は別のユーザ権限でコマンドを実行するコマンド。主に一般ユーザ
から root でコマンドを実行する時に使われる(そしてこの時パスワード
入力が必要だ)が、-u オプションで root 以外のユーザになる事も可能。

さらに、root が使う場合はパスワード入力を求められない。これで
USER のユーザ権限で AddDock が動くはず。

ただし、権限が変わらないからって黙ってやっていい訳じゃないぞ。
大抵の場合、自分の設定を勝手にアプリの都合に合わせられると不快に
感じるものだ、ユーザは。

漏れなら、>>886にあるようにアプリ起動時に Dock に突っ込む処理を
いれておいて、アプリの設定でその処理をはずせるようにするがな。
VPC6の Dock 機能もそんな感じだ。