QTでDivxの上にmp3オーディオを乗せてAVIファイルとして保存できます。
但しこのファイルは窓では再生できません。
MPEGファイルを削除してしまったとのことですが
ffmpegで音ずれがある場合でもMencoderで正常にエンコできる場合があります。
（逆のこともあります。）
http://www.maruko2.com/osx/mencoder/