一応理由も書いておきます。私の日本語で伝わるかどうかわかりませんが（汗

OSX用のアプリケーションはパッケージ形式になっています。
ソフトウェアアップデートではパッケージ内の一部のファイルだけを書き換えたりする
いわゆる「差分アップデート」が少なくありません。ダウンロードファイルを小さくするためです。
しかし、現在のソフトウェアアップデートはあまり賢くないため、
アップデート分のファイルをApplicationフォルダ内に書き込むだけで、
そこにアプリがあるかどうかは確認してくれません。