Doublet Scan Lite J1-1.0　
http://www.hyperbolicsoftware.com/download.html
上記のソフトをインストールした所、
アップルメニューの中にあるカスタムアイコンのフォルダが
全てデフォルトのアイコンで表示されるようになってしまいました。
（ゴミ箱やコンパネ、ファイルやアプリなんかはまったく正常）
アップルメニューをFinderで開いてアイコン＆リスト表示をすると
きちんとアイコンは出ています。FileBuddyで見てみましたが
問題なくカスタムアイコンにはチェックあり。
新しくフォルダを作ってアイコンを貼ってみてもやはり表示されず。
システムごと上書きインストールをしてみましたが直りませんでした。

このソフトのインストールログを見てもヘルプファイルを
入れているだけで全く怪しくありません。

疑うべきはどこでしょうか？？