俺は
/bin :システムに最小限必要なコマンドを入れておくところ。
/sbin :システムに最小限必要かつ管理者しか使わないコマンドを入れておく。
/usr/bin :普通のコマンドが入ってるところ。
/usr/sbin :どうしても必要ってわけじゃないけどあった方が便利な管理者コマンドの場所。
/usr/local/bin :ディストリビューターの用意したもの以外のコマンドを入れておく。
/usr/local/sbin :同上、管理者コマンド。
~/bin :ユーザーが個人的に使うコマンド。
こういう風に使ってます。