>>390
＞なぜxtermが起動するのか

デフォルトのxinitrcがそうなっているから。
変更したいならホームに.xinitrc作ってそこで指定すればいい。

＞Dockにはx11の他にxtermアイコンも
＞あらわれてくれると分かりやすいのですが、
＞現状、x11アイコンのみが Dockにあらわれて

バージョン５までのVirtualPC使ったことある？
それだとドックにはVirtual PCのアイコンだけ表示されて
中で動いてるWindowsのアプリは個別にはドックには表示されなかったんだ。
X11も似たようなもの。

ちなみにVirtualPC 6では（Classic環境みたいに）Windowsアプリも
個別にドックに表示されるようになったんだけどね。
AppleのFAQを読むと、X11もX11アプリを個別にドックに
表示されるようなことを考えているフシはあるから、将来のバージョンでは
そうなるかもね。

＞他の、X windowシステムを使用するアプリをx11 for MacOSXで使用するには
＞どうやるんだろう？なんて疑問に思ってしまうのですが。

普通のUnixと変わらんよ。
自分でmakeするか、いくつかのサイトでバイナリパッケージが提供されているから
それを使ってもいい。