とんでもないオチだった。
じゃぐぁでCommand+Shift+3ってすると/usr/sbin/screencaptureがKickされるだけだった。
おそらくFinderがKickするって事になるのね。
で、Command Lineからベタでscreencaptureって打つとHelp表示が（藁
少なくとも、出力形式を変更するOptionは見当たらない。
（Command+Shift+4やControl併用の場合は、渡されるOptionが違うだけって事）

うむ、やはり「まとめ撮り」して一気にConvertってのが一番の解決策か。