1.メニューバー(orツールバー)に
「現在のウィンドウの状態を標準として保存」てのを付ける
2.適当にスレを開いて好みの場所/サイズにする。
　で、(1)のメソッド呼び出して初期設定に座標/サイズを保存する
3.次から開くウィンドウはその設定に準拠する

って実装を考えてるのじゃなかろうか。
#あたしゃ3ペイン派