セカンダリにウィンドウを開いたままで保存した書類、
セカンダリを外した状態でそのファイルを開くと、
ないはずの場所にウィンドウを開きやがるんだけど、
これってOSXの仕様ですか？

もちろん、OSはセカンダリを認識していない状態で、です。