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Fillscreen.apeにしてもそうだけどキャッシュにウインドウ位置とかを保存してると思うんだよね。
だからUser上位に何かしら保存してると思われる。
だめもとで試してみたら？
Jaguar Cache Cleaner
( http://www.northernsoftworks.com/jaguarcachecleaner.html )
でDeepClean(Finderなどの再設定が必要)してみるか
System Optimizer
( http://www.mkd.cc/ )
でシステムを最適化してみるとかの方がいいと思うな。