OfficialなWindows版1.39aも音がおかしいです（音程が低い）。
UnofficialなSNES9Xの一つ、http://perso.wanadoo.fr/ackadia/snes9x/
が取り込まれたのが原因らしい。
いっそのこと1.39コアのものに戻してしまっても良いのでは。