R-TYPE3が化ける原因は、ゲーム中にあるパラメータが更新されないからっぽいのですが、
このパラメータがエミュレーション上どういう意味を持つのか、私には良くわかりません。
描画の同期に関するもののようですが・・・。
Winの1.39aで化けないのは、Winで使われているアセンブラバージョンのCPU実行部が
Cバージョンより（多分）古く、1.39のときと同様に
常にそのパラメータを更新するようになっているからです。見た感じ。
www.snes9x.comのフォーラムで開発者から反応ありました。
私のヘタレ英語でも一応バグ報告は伝わったと思います。