現状の Win IE でも、Favoriteフォルダの中にブックマークがあるわけで、
普通のファイル整理感覚でブックマーク整理できるよ。

(winではそう呼ばないが)
Finder 上で IE のブックマークは整理できるわけ。
エクスプローラ、XP なら フォルダボタンを押してやれば、凄く楽。
こういうふうに整理作業をやってる人は少ないだろうけどね、、、