IEブックマークの文字化け解消方法半分わかった。
まず ~/Library/Preferences/Explorer/Favorites.html を
JISコードにしてSafariを立ち上げる。
最初の起動じゃない人は以下の設定ファイルをリネームすべし。

~/Library/Preferences/Safari/
~/Library/Preferences/com.apple.Safari.plist

そしてSafariを終了。
今度は~/Library/Preferences/Safari/Bookmarks.plist をエディタで開き、
(miとかで文字コード強制認識の必要あるかも)、Unicode(UTF-8) にして保存。

そして再びSafariを立ち上げて、ちゃんとブックマークが表示されれば成功。
失敗なら使ってる漢字のどれかがUTF-8に変換失敗。

Favorites.html の2byteをBase64あたりでエンコードして
Bookmarks.plist でデコードとかすれば、完璧のはず。
誰かそういうソフトちょちょいと作ってー。