はてなアンテナに「~」が使われているサイトを登録する事ができません。
ページを開くときに文字化けしたり、上のディレクトリまでしか表示する事ができません。
たとえば、
http://www.hogehoge.com/hage/~sageだと
http://www.hogehoge.com/
になっちゃいます。
サファリでやっても変わらず。