現時点での、CaptyTVによるmpeg2→DivX5までの自分なりの結論が出ました。
音ずれにも悩まされました。どうやらCaptyのmpeg2とmpeg2decXとはあまり相性が良くないかもしれません。
mpeg2decXを使うと、24分強のmpeg2ビデオが一秒強ほど縮んでしまい、後でオーディオと合成すると、
映像→音声、音声→映像に関わらず、前半は音が遅れて後半は音が早くなるようになってしまいました。

原因はよく分かりませんが、Capty素材のfpsが30なのに対して、
mpeg2decX後のfpsが29.97となっているのが関係しているのでしょうか。
もし見当違いなことを言っているようでしたら作者の方すいません。

ですので、エンコードする時はなるべく映像と音声を同時にするようにと心がけた結果、

0. 環境はG4 1GHz Dual、OS X 10.2.6、素材はCaptyTVからのmpeg2(24分)、映像:固定5mbps 音声:384kbpsの場合。
1. ffmpegX等を使い、mencoderでXviDに変換。Video Bitrateはとりあえず10000kbit/sと多めに指定。
　 このとき音声も一緒にしてエンコード。見た目ほとんど劣化の無いXviDが完成。[90分]
2. 出来たXviD+mp3をQuickTime Playerに正常に認識させるため、DivX Validator、DivX Doctor II、DivX Tool OSX
　 等を使い、修正。[10分弱] (※)
3. 音声と共にQuickTime Playerで無事開けたら、音声トラックを取り出し、それをAIFFに書き出し。
　 エラーが出て直接変換出来ない場合は、WAVEに書き出した後でAIFFに書き出し。
　 このAIFFをオーディオ2として追加した後、最後に中のmp3データ(オーディオ1)を削除。[10分くらい？]
4. 音声と映像を同時にDivX5で(場合によりクロップしつつ)書き出し。完成！[2時間強] [作業時間合計4時間程度]

(※) この時、どのソフトでもエラーがでて修正できない場合は、元のmpeg2データ(映像)の先頭が壊れている
　　可能性が高いです。その時は大抵、修正前にQuickTime Playerで開こうとすると固まってしまうはずです。
　　そういう時はPixeDVで先頭の1グループを削除してみると大丈夫だったりします。(これに泣かされた…)
　　ですので、手間ですがXviD変換の際に、先頭から少しだけ切り出したmpeg2で試しにQuickTime Playerで正常に
　　表示できるまでを確認してから作業を進めた方が、精神衛生上よいでしょう。