俺だったら、こうするな。
1、0SexでVOB抜きだし、
2、Extractorで、M2VとPCMに分離、
3、%mplayer -ao pcm hogehoge.pcm
　 でWAVに変換、
4、ffmpegXで分離したM2Vを選択
5、Add audioにWAVを選択
6、エンコード開始