それほど重大な差ってのは無いみたいだけれどmencoder使った方が安定して動作するかも。
ffmpegXにインストーラが同梱されてたでしょ？
それ見れば、どこに行けばmencoderが手にはいるか書いてあるし
その後でインストーラ使えば間違えなくインストールできる。

下のやつのエラーって「ファイルを開いている時にエラー生じました」って言っているから
なにかffmpegXで扱えな形式のファイルを開こうとしたんじゃないのかな？

なんかffmegXは連日アップデートされてるけれど、さっき見たら 0.0.6ｄってのが出てましたよ。