レスありがとうございます。
>966さま
Minx Transcoderのバージョンは、1.0b6です。
>>970さま
OSEx、Minx Transcoderのバージョンは同じですが、sizzleのバージョンが
私の使っているものと違います。私のは0.0.2r2です。970さまのは0.2との
ことですが、差し支えなければ入手先のURLなど教えていただければ助かり
ます。

なお、補足ですが、demuxした後のMPEG-2ファイルと圧縮した後のファイル
をQT Proの「ムービーの情報を表示」で比較すると、再生時間がかなり
違いました。
圧縮前：1時間59分23.04秒
圧縮後：1時間35分25.28秒
この差が悪さしているような気がします。

970さまと同じように、OSExでストリーム別にリッピングするのを試して
みようかと思います。