>QTPlayerではなく、ffmpegXでencodeクリックした後のターミナルに
>FourCCらしきものが表示されてるんです。

一度HexEditでバイナリ開いて検索かけて見てください。
ヘッダ情報にはFourCC以外にもエンコーダー名を刷り込んでいるものも
ありますので。エンコーダー名の所についてffmpegは「ffmpeg」って
刷り込むんですがね。