多分それ勘違いしていると思います。
QuickTimePlayerはFourCCを表示する事は出来ないです。
情報の表示で出ているのはデコーダー名若しくはエンコーダー名の
どちらか。3ivxの表示が出るのは3ivxがDivX全部とXvidとAppleMPEG4
の全てをデコードしてしまう為で、それとFourCCがどうなっているのかは
別問題。FourCCを調べるのであればAVIであればDivXToolを使います。MOVの
場合は特に調べるツールが無いのでHexEditとかで開いて該当個所を確認
します。
3ivxを入れているとFourCCを勝手に書き換えているかもしれませんね。
Doctorを使うと間違い無く3ivxのFourCCにしてしまうので気をつける
必要がありますし、VLCは3ivxに対応していないのではないでしょうか。
ffmpegXが悪いわけではないと思います。
そんな訳で私はどっちかっていうと3ivxが好きではありません。
FourCCについては私のサイトでも少し説明しています。

http://cometti.no-ip.com/~do/