書き忘れた。

QTファイルの場合、書き出しの組み合わせによっては
オーディオとビデオのトラックの順番が入れ替わるんで、
ffmpegXのAudioタブの「Invert maping」をオンにするとか、
Audio Trackを1から2に変えるとかやってみるととうまく
エンコできたりするYO。