参考になるか分かりませんが、QT6.0.2とQT6.1のMPEG-4の比較です。
ソース、品質等のパラメータは全く変えていません。
QT6.0.2では高品質圧縮を使用しています。
QT6.1の方が細部の再現性が向上しているように感じました。
色味も微妙に変わっています。

QT6.0.2（高品質圧縮）
http://homepage.mac.com/tin_toy/dvd_rip/trick_mpeg4_qt6.mp4

QT6.1
http://homepage.mac.com/tin_toy/dvd_rip/trick_mpeg4_qt6.1.mp4

おまけ
ほぼ同じデータレートのSorenson Video 3
http://homepage.mac.com/tin_toy/dvd_rip/trick_sv3.mov

結論
Sorensonでいいや。