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使ったことないと分かんないと思うけど、コマンドラインに適した処理と
GUIに適した処理っていうのがあると思います。
大量のファイルをマクロ的に処理したいときはコマンドライン(ていうかスクリプティング)が役に立ちます。
そういう私はunixもwinもmacも使っています。

あと、OSの動作がおかしくなったときにterminalを立ち上げてローレベルの動きが見れるのも利点ですね。
GUIが便利なのは確かなのでこういった処理もGUI化されたらそれはそれで便利だと思いますが。

やっぱりコマンドラインはなくならないと思います。
慣れたらすごく便利な部分があるのはGUIと同じなので。