ボタンやポップアップの文字（ヒラギノ角ゴW3）が真ん中より上によっちゃうんですが、
そういう場合はUserContentのどの部分を書き換えたらいいです？

どの部分か分かりませんが、自分が使っているところで関係ありそうな部分を貼っておきます。

button,
input[type="reset"],
input[type="button"],
input[type="submit"] {
padding: 0 0 0 0 !important;
font-size: 11px !important;
height: 1.5em !important;
margin: 1pt 3pt 2pt 3pt !important;
font-family: "Helvetica","Hiragino Kaku Gothic Pro W3" !important;
vertical-align: middle !important;
border-width: 0pt !important;
line-height: 1.6em !important;
min-width: 40px !important;
text-decoration : none !important;
font-weight: light !important;
}