もしやうちだけ？
やり方書くからみなさんも検証してください

1　まずデスクトップにウィンドウをたくさん開く。
2　マイナスボタンでドックに入れる(option+マイナスでまとめてドックへ）
3　ふたたびデスクトップに新たにウィンドウをたくさん開く。
4　オプション+閉じる(コマンド+w)

ドックのウィンドウも閉じてしまいます。

えっ。ウィンドウシェード入れたからなの？？