質問が抽象的すぎましたね、すみません。

えーとですね、BはGUIのコントローラです。
Aでボタンを押されるとパネルを表示して、ユーザがボタンを押したらAに連絡します。
ものすごく簡単に言えばアラートを表示してOKを押させるだけのクラスです。
もちろんAの中でやりゃすむ話ですが、いろいろ使いまわししたいので別クラスにしたわけです。
なもんでパネルを表示したらEventLoopから抜けてしまいます。

うーん、やっぱりAが保持すれば良いだけのことですかねえ？
パネルを表示するのを専用のクラスでなくてNSAppでやっているのが不思議だったんですが、
もしかしてそこら辺の事情もあるんでしょうか？