10.2.1のときにアプリケーションフォルダの中身に、サブフォルダをつくって、なかのアプリケーションを分類してました。
（たとえば「アップル」、「ユーティリティ」、「インターネット」などです）
この状態で10.2.2にしたところ、iChatなど、バージョンアップしたアプリケーションのアイコンがアプリ汎用のモノにかわってしまい、起動しなくなってしまいました。
こうなってしまうと再インストールしか復旧させる方法はないのでしょうか？

マシンはG4 Cubeで、OSとパーテーションはOS X10.2.2（60MB）、OS 9.2.2（20MB）です。