コーデックとか画面サイズとか同じなら

% cat 1.avi 2.avi > 3.avi
catで1.aviと2.aviを単純結合。3.aviができる。

% mencoder -forceidx 3.avi -oac copy -ovc copy -o 4.avi
単純結合しただけの3.aviは1.aviの部分しか再生されないからmencoderで
-forceidxオプションを使ってインデックスをつくり直す。4.aviができる。

これでたぶんいけるんじゃなかと。CMカットの方はわからん。