iBookでCocoMonar使わさせてもらってるのですが
画面が小さいので、ときどきポップアップが大きすぎて
下の方が切れて見えないときがあります。

Dockに登録したフォルダをコントロール+クリックで開いたような
上下に▲▼がついたような感じにはなりませんでしょうか?