iPodのアップデータは単独でダウンロードしたのでしょうか？
http://til.info.apple.co.jp/cgi-bin/WebObjects/TechInfo.woa/wa/showTIL?id=122014

もしそうなら、iPodのソフトウェアアップデートにはiTunes（あいちゅーん「ず」ね）を
起動しておく必要はありません。iPodさして自動的に起動されちゃったら
ためしに終了させてみて。