どうやってもズレるソースってありますよね。

メトロポリスの一番小さなチャプター（1分半ほど）を実験的に
エンコした時があるんですがDivXだろうがAppleMpeg4だろうが
ズレまくりました。フレームレートを調整してもダメ。
MOV形式にして動画を引き延ばして張り込んでも途中部分が
大きくズレていて全く同期出来ませんでした。これは
DivXでもAppleMpeg4でも発生しました。

ソースによっては動的にフレームレートを変更しているとか
そんな事はないんでしょうか。