ffmpegを使った時の音ズレ問題ですが海外のフォーラムでも
色々出ています。

DTV板のエンコ関連スレで可変fpsソースについて説明がありますが
主にアニメがソースの場合に多いようで、洋画などではあまり影響を
受けるソースは少ないのではないでしょうか。可変fpsを使う理由
としては情報量の削減が第一に挙げられますが、対応していない
ffmpegにとっては辛い仕様と言わざるを得ません。Winなエンコ屋
はソースのfpsを120fpsや240fpsにして安定した再生状況を作って
からエンコするという手間がかかる方法でやっている人もいます。

ここ最近はずっとXViDをテストしているのですが可変fpsには対応して
いるようで「大きな音ズレ」に遭遇した事はありません。
（1〜2fps程度のズレは生じているようです。ソースとエンコ後の動画
の再生時間が合いませんが使用上特に変には感じません。）
mediaPipeにもffmpegから引っ張って来たOpenDivXパイプがあるので
それでエンコすればひょっとするとクリア出来る問題なのかもしれません。

あとMediaPipeのインターレース除去パイプを使ってみましたが、かなり
辛い画質となりました。インターレースをそのまま残すよりはマシ、と
いう感じで正直満足出来ません。

XViDパイプについてはそこそこビットレートの高い物も作れるように
なりました。以前と設定はそれほど変更していないのですが何故か出来て
います…

映像関係の仕事に関わっていない素人はどうしても高価なツールを使う
事が出来ないので、とくさんのツールとMediaPipeで今後も頑張ってみようと
思います。