Sorenson SqueezeはMPEG2は使えませんでした。
なので、自分の使い方としては、（Captyで取り込んだ時ですが）

1. Captyで取込み（MPEG2）
2. PixeDVでCMカット→書き出し（m2v+aif）
3. mpeg2decXでアニメーションで書き出し（mov）
4. QTでmovとaifを結合。この時にCMカットで残ったゴミをカット（mov）
5. 出来上がったmovをSqueezeで取込み→書き出し

という、方法でやってるんですが、もっといい方法ってなんかあります？？
3でやっているアニメ書き出しは劣化を防ぐためにやっているですが、
容量が半端なく上がってしまうのが難点です。DVはあきらかに画質が落ちるし。
ソースはガンダムSEEDなんですが（笑）自分としては、
mpeg2decXでmp4、ffmpegXでDivX、MediaPipeでXvidと試したんですが、
Sorensonが一番いい感じに仕上がりました。